- 기획교육부 : 기획, 교육, 홍보 및 대외협력에 관한 업무
- 해양연구부 : 해양환경, 해양개발, 해양산업공학 및 해양정보산업 분야에 관한 연구
- 수산연구부 : 수산생물의 육성과 자원관리, 어업기술(수산공학), 수산가공 및 수산해양법규 등에 관한 연구
- 수산증양식연구센터 : 연구소의 시설과 장비를 활용한 수산증양식에 관한 연구, 실험실습 및 육상종묘생산
- 행정실 : 대관, 대인 업무를 포함하는 일반사무와 재정관리, 시설물 유지관리 및 보안업무 등을 수행
